Новини генетики

    Genome Technology's: Якою є кількість рецесивних дитячих захворювань, які зазвичай не виявляються при використанні традиційних методів скринінгу?

 

    Стівен Кінгсмор: Так, сьогодні тестування в основному зосереджується на таких захворюваннях, як кістозний фіброз (муковісцидоз), який зустрічається серед усіх етнічних груп, та ще на п’яти розладах, які особливо характерних для євреїв Ашкеназі (наприклад, хвороба Тея-Сакса). Обов’язковий скринінг, спрямований на виявлення спінальної м'язової атрофії ще не затверджений Американською колегією, проте в найближчому майбутньому це відбудеться. Крім того, сьогодні людям пропонують проведення великої кількості індивідуальних генетичних тестів та панельних досліджень, але є ще сотні розладів, для виявлення яких поки-що немає жодних відомих методів. Суть проблеми полягає в тому, що більшість із цих захворювань зустрічаються дуже рідко, тобто при використанні стандартних підходів до дослідження вони будуть комерційно невигідними.

 

    GT: Чи можете Ви розповісти мені про Ваш метод, який Ви використовували при проведенні скриніннгу?

 

     S.K.: Ми використовували метод встановлення послідовності нового-покоління (next-generation sequencing). Ми повинні були розширити діапазон скринінгу, саме тому в цьому випадку у нас було визначено 437 генів-мішеней, близько 2 мегабаз (megabases) послідовностей, більшість яких була представлена у вигляді послідовностей екзонів, і лише незначну частку складали послідовності інтронів. Тобто в загальній кількості ми мали близько 7700 генетичних мішеней. Далі ми збільшили ці послідовності використавши метод секвенування нового покоління а потім, використавши біоінформатичні методи ми перетворили інформаційну послідовність у генотипи та гаплотипи і дослідили їх на наявність відомих людських патогенних мутацій (це здійснювалося з допомогою інформаційної бази Human Gene Mutation Database).

 

     GT: Як ви думаєте, цей метод може бути використаний в клінічних умовах?

 

    S.K.: Саме це наша головна мета. І, хоча у статті описується процедура використання цього методу в лабораторії, проте з самого початку в основі наших намірів було використання цих досліджень у клінічних умовах, і саме тому, я зараз знаходжуся в Канзас-Сіті. Зараз ми налагоджуємо роботу закладу, який плануємо назвати Центр дитячої геномної медицини. Це буде перша лікарня, на основі Центру геному CLIA, яка пропонуватиме використання цього тесту для діагностики генетичних захворювань у дітей, а також для пресимптоматичного скринінгового тестування.

 

    GT: У статті Ви говорите про необхідність створення "бази даних мутацій" і "загальної стратегії тестування носіїв". Яким чином, на Вашу думку, можна реалізувати ці плани?

 

   S.K.: На сьогодні є дуже багато баз даних людських мутацій, ймовірно, що самою відомою  є база HGMD університету Кардіффа. Більшість баз даних формуються на добровільній основі, тобто вони приймають інформацію від усіх, хто бажає її надати. HGMD наповнюється дещо по іншому - вона створюється на основі надійних медичних літературних джерел, а не на основі звичайних тверджень, саме тому – ця база даних більш якісна. Але ті тенденції, які ми виявили при проведенні нашого дослідження – досить тривожні, адже рівень недостовірних мутаційних анотацій був досить високим. Це вказує на те, що нам дійсно необхідно створити єдину високоякісну базу даних захворювань, де клінічна кореляція була б насправді достовірною. І ми хотіли б бути частиною процесу її створення.

 

   Деякі члени нашої команди переїхали в Канзас-Сіті, після скерування NCGR, який надав нам дозвіл для здійснення подальших випробувань та поступового використання результатів дослідження у клінічних умовах.

 

   Звісно є досить багато нез’ясованих питань, але ми постійно працюємо над їх вирішенням. Ми докладаємо всіх зусиль для того, щоб удосконалити процес дослідження, крім того ми також проаналізували список генів-мішеней, на сьогодні він складає 568 генетичних захворювань, які можливо діагностувати.