Новости генетики

   Genome Technology's: Каково количество рецессивных детских заболеваний, которые обычно не проявляются при использовании традиционных методов скрининга?

    Стивен Кингсмор: Да, сегодня тестирование в основном сосредоточено на таких заболеваниях, как кистозный фиброз (муковисцидоз), который встречается среди всех этнических групп, и еще на пяти расстройствах, особенно характерных для евреев Ашкенази (например, болезнь Тея-Сакса) . Обязательный скрининг, направленный на выявление спинальной мышечной атрофии еще не утвержден Американской коллегией, однако в ближайшем будущем это произойдет. Кроме того, сегодня людям предлагают проведение большого количества индивидуальных генетических тестов и панельных исследований, но есть еще сотни расстройств, для выявления которых пока нет никаких известных методов. Суть проблемы заключается в том, что большинство из этих заболеваний встречаются очень редко, т.е. при использовании стандартных подходов к исследованию они будут коммерчески невыгодными.

     GT: Можете ли Вы рассказать мне о Вашем методе, который Вы использовали при проведении скрининнга?

   S.K.: Мы использовали метод установления последовательности нового-поколения (next-generation sequencing). Мы должны были расширить диапазон скрининга, именно поэтому в этом случае у нас было определено 437 генов-мишеней, около 2 Мегабаз (megabases) последовательностей, большинство которых были представлены в виде последовательностей экзонов, и лишь незначительную долю составляли последовательности интронов. То есть в общей сложности мы имели около 7700 генетических мишеней. Далее, мы увеличили эти последовательности использовав метод секвенирования нового поколения, а затем, использовав биоинформатический методы мы превратили информационную последовательность в генотипы и гаплотипы и исследовали их на наличие известных человеческих патогенных мутаций (это осуществлялось с помощью информационной базы Human Gene Mutation Database).

    GT: Как вы думаете, этот метод может быть использован в клинических условиях?

    S.K.: Именно это и есть наша главная цель. И, хотя в статье описывается процедура использования этого метода в лаборатории, однако с самого начала в основе наших намерений было использование этих исследований в клинических условиях, и именно поэтому я сейчас нахожусь в Канзас-Сити. Сейчас мы налаживаем работу заведения, которое планируем назвать Центр детской геномной медицины. Это будет первая больница, на основе Центра генома CLIA, которая будет предлагать использование этого теста для диагностики генетических заболеваний у детей, а также для пресимптоматичного скринингового тестирования.

   GT: В статье Вы говорите о необходимости создания "базы данных мутаций" и "общей стратегии тестирования носителей". Как, по Вашему мнению, можно реализовать эти планы?

   S.K.: На сегодня есть очень много баз данных человеческих мутаций, вероятно, самой известной является база HGMD университета Кардиффа. Большинство баз данных формируются на добровольной основе, то есть они принимают информацию от всех, кто желает ее предоставить. HGMD наполняется несколько по-другому - она создается на основе надежных медицинских литературных источников, а не на основе обычных утверждений, именно поэтому - эта база данных более качественная. Но те тенденции, которые мы обнаружили при проведении нашего исследования - достаточно тревожны, ведь уровень недостоверных мутационных аннотаций был достаточно высок. Это означает, что нам действительно необходимо создать единую высококачественную базу данных заболеваний, где клиническая корреляция была бы в действительности достоверной. И мы хотели бы быть частью процесса ее создания.

    Некоторые члены нашей команды переехали в Канзас-Сити, после направления NCGR, который предоставил нам разрешение для осуществления дальнейших испытаний и постепенного использования результатов исследования в клинических условиях.

    Конечно, есть достаточно много невыясненных вопросов, но мы постоянно работаем над их решением. Мы прилагаем все усилия для того, чтобы усовершенствовать процесс исследования, кроме того, мы также проанализировали список генов-мишеней, на сегодня он составляет 568 генетических заболеваний, которые можно диагностировать.